L’église St Paul fut construite dans l’élan de l’église Notre Dame qui a été bénie par Monseigneur Le Bourgeois, Evêque d’Autun, Chalon et Mâcon,  le 6 Novembre 1966, après le Concile Vatican II.
Mais le clergé chalonnais s’inquiéta rapidement des dépenses à engager.  Il fallait solliciter l’aide de toute la population chalonnaise. Une réunion eut lieu le 9 Mars 1963, rue Fructidor, où il fut décidé la création de l’ACER ( Association Chalonnaise d’Equipement Religieux).
Le projet d’une église dans un nouveau quartier, les Prés St Jean.
Le rattachement de la commune de St Jean des Vignes à Chalon sur Saône offre à la municipalité un vaste site et ainsi une occasion unique pour mettre en application son plan directeur de 1960 : de 1965 à 1974 vont s’élever, dans une immense plaine inondable, les immeubles d’un très grand quartier, la ZUP de St Jean des Vignes.
En Février 1966,  les emplacements d’une église et d’un centre paroissial au centre du nouveau quartier, sont réservés par les pouvoirs publics.
A l’époque, une étude estimait le nombre d’habitants à venir à 6 000 personnes  dont 10% de pratiquants, et à 800, le nombre d’enfants de 8 à 12 ans susceptibles d’aller au catéchisme.
En attendant le projet d’ensemble basé sur ces estimations, une première tranche de travaux fut décidée, comprenant :
- une salle de 60 à 80 m2 servant de chapelle provisoire
- 2 salles de 25 m2 pour le catéchisme
- 1 bureau de 15 m2
- une sacristie de 15 m2
- un bloc sanitaire.
Mr  Victor LACAILLE D’ESSE fut choisi comme architecte par la commission.
Dès Octobre 1967, il présenta un projet d’édifice qui tenait compte  à la fois du souci d’économie, d’esthétique et d’utilisation moderne et pratique de l’Eglise catholique, et, dans notre cas précis, du Diocèse et de l’ACER.
Le lieu de culte se trouve au centre d’un rectangle limité par les salles de catéchisme, de réunion, le presbytère, le sanitaire, la chaufferie, la sacristie. Il peut être agrandi par l’ouverture de cloisons mobiles séparant l’église de certaines salles.
Une première estimation des travaux s’élevait à 1 000 000 de francs. Ces travaux furent financés pour plus de la moitié par un prêt garanti par la ville pour une durée de 20 ans.
C’est en Octobre 1969 que fut confiée à l’entreprise CARTIER, la construction du centre paroissial St Paul de la cité des Prés Saint Jean. 715 appartements étaient déjà construits.
L’abbé PILLOT fur le premier curé de la nouvelle paroisse en 1969.
La construction du centre paroissial St Paul s’avéra difficile car il s’agissait d’un ouvrage particulier pour l’entreprise CARTIER et parce que Mr LACAILLE D’ESSE, architecte, mourut. Mr Panier lui succéda. La construction ne fut achevée qu’en avril 1971, et la bénédiction de l’église eut lieu par Monseigneur LE BOURGEOIS le 9 JUIN 1971.
En attendant la consécration de son église, le Père PILLOT célébrait les messes depuis un appartement. A cette époque, il régnait, selon lui, une très grande solidarité entre les habitants, dans le quartier.
Source : Service Animation du Patrimoine de la Ville de Chalon sur Saône

Après la loi de séparation de l’Eglise et de l’Etat, votée en 1905, l’Eglise catholique devient autonome et indépendante. En vertu de cette loi, les lieux de culte construits avant 1905 deviennent propriété de l’Etat quand ce sont des cathédrales, et propriété des communes quand ce sont des églises paroissiales.
L’Etat ou les communes sont donc chargés de financer leur entretien, tandis que l’Eglise catholique reste maîtresse du choix du clergé affectataire. L’Eglise doit , en outre, financer toute seule la construction de nouveaux lieux de culte dont elle détient dès lors la pleine propriété. Elle acquiert ainsi une précieuse liberté d’initiative en matière d’équipement pastoral : désormais, l’évêque décide seul de créer les paroisses qu’il juge nécessaire à sa mission pastorale, de construire les églises comme il le souhaite. Dès lors ce sont des centaines d’églises qui sont construites en France entre 1945 et 1980. Ceci s’explique par la nécessité de reconstruire après les dégâts de la seconde guerre mondiale, et par l’accroissement de la population ainsi que par le flux de population vers les villes.
Source : Service Animation du Patrimoine de la Ville de Chalon sur Saône